Kraker hazırlarken kullanılacak un seçimi, elde edilecek lezzet ve dokuda önemli bir rol oynar. Geleneksel olarak buğday unu öne çıksa da, farklı un türleriyle de çeşitli alternatifler oluşturmak mümkün. Glutensiz beslenme tercih edenler için özel un karışımları veya yulaf unu gibi seçenekler de değerlendirilebilir. Bu farklı unlar, krakerin tadını ve kıvamını zenginleştirir.
Kraker yapımında genellikle buğday unu kullanılır.
Glutensiz kraker yapmak istenirse, un yerine glutensiz un karışımı kullanılabilir.
Ayrıca, yulaf unu da kraker yapımında tercih edilebilir.
